Un module d’annotation sémantique a été développé sous forme de plugin Omeka-S par D. Berthereau. Cette implémentation s’appuie sur les recommandations de la W3C qui conseille l’utilisation du Web annotation Data model (WADM) ainsi que l’ontologie associée, le Web Annotation Vocabulary (WAC). D’autres systèmes comme Pundit ou Recogito (Pelagios commons) suivent et implémentent également ces normes. Cet ensemble de spécifications décrit un modèle structuré permettant aux annotations d’être partagées et utilisées entre applications ; l’ontologie propose un ensemble de classes, prédicats et entités nommées en RDF qui sont utilisées par le modèle ainsi que des recommandations sur d’autres ontologies existantes à réutiliser. L’avantage de l’outil Omeka-S est la possibilité d’ajouter simplement une ontologie quelconque si l’on souhaite étendre le modèle d’annotation.
L’annotation est plus précisément définie comme une ressource composée d’un body qui correspond au commentaire ou à la ressource descriptive ainsi que d’une target qui constitue la ressource concernée par ce qui est décrit dans le body de l’annotation. L’annotation peut également être caractérisée par des propriétés additionnelles comme un type parmi ceux répertoriés dans la WAC et un identifiant IRI. Le texte ci-dessous présente un exemple d’annotation sérialisé en RDF/TTL.
En ce qui concerne la dimension spatiale, le target de l’annotation fait souvent référence à une géométrie en WKT afin de démarquer la zone concernée par l'annotation. Le body d’une annotation peut aussi pointer à une IRI d’un référentiel géographique sémantisé (autrement dit, gazetier) comme Géonames ou le TGN Getty, afin d’identifier le lieu dont il est question dans l’annotation. Dans d’autres systèmes d’annotation de cartes comme Recogito, la géométrie des entités géo-historiques n’est pas une information qui appartient à l’annotation. Au contraire, ce choix est fait dans un outil d’annotation (non sémantique) et de géoréférencement de cartes comme Maphub ou RAT. Pour Recogito, le gazetier (ou référentiel) fournit l’accès aux descriptions des entités géographiques et permet de tracer leur évolution dans le temps, à condition néanmoins que le gazetier pertinent existe. Cela dit, la communauté Pelagios et plus largement celle intéressée par les humanités spatiales sont très dynamiques quant à la création et à la mise à jour de ces gazetiers sémantisés. Ceci représente un choix intéressant qui mérite d’être discuté largement avec la communauté en humanités spatiales.